Pour s'assurer de l’innocuité des plantes génétiquement modifiées avant leur commercialisation, les scientifiques doivent respecter un processus d’évaluation strict dont les principales étapes sont :
- la caractérisation de l’organisme comestible parental,
- la caractérisation moléculaire de la nature de la modification génétique (position d’insertion de ce nouveau gène, nombre d’exemplaires insérés et niveau d’expression de ce gène),
- la caractérisation toxicologique et allergène des protéines produites par ce transgène,
- l'établissement d’une équivalence substantielle entre l’organisme comestible parental et la nouvelle plante transgénique, par des analyses chimiques et phénotypiques.